Según documento de Proyecto Educativo Institucional (PEI), de abril de 2010, aprobado mediante el Acuerdo 007 de 2010 del Consejo Superior, son objetivos de la Universidad:

• Fortalecer y articular nuestras funciones misionales y potenciar nuestra capacidad para retomar nuestro papel como interlocutora del gobierno nacional en la definición y desarrollo de políticas educativas.
• Posicionar a la Universidad Pedagógica Nacional como líder en la formulación de propuestas educativas y pedagógicas para la construcción de una sociedad en paz, con justicia social y democracia.
• Fortalecer el bienestar universitario para garantizar un ambiente de convivencia y el ejercicio de derechos y vida digna para los integrantes de la comunidad universitaria.
• Consolidar con otras universidades los vínculos e interacciones investigativas y académicas en torno al campo educativo y pedagógico, en el ámbito mundial, en particular del Sur global y en perspectiva latinoamericana.
• Articular las problemáticas educativas, sociales y políticas de modo que contemple el respeto a las culturas y la protección del ambiente.
• Optimizar las condiciones de infraestructura, los procesos administrativos y de gestión de la Universidad, para garantizar una mayor efectividad en el cumplimiento de los fines misionales y estratégicos del Plan de Desarrollo.